分液漏斗振蕩器使用操作流程： 使用時，左手虎口頂住漏斗球，用拇指食指轉動活塞控制加液。此時玻璃塞的小槽要與漏斗口側面小孔對齊相通，才便加液順利進行。
當分液漏斗中的液體向下方流時，活塞可控制液體的流量，若要終止反應，就要將活塞緊緊關閉，因此，可立即停止滴加液體。放液時，磨口塞上的凹槽與漏斗口頸上的小孔要對準，這時漏斗內外的空氣相通，壓強相等，漏斗里的液體才能順利流出。
分液時根據“下流上倒”的原理，打開活塞讓下層液體流出，關閉活塞。上層從上口倒出。分液漏斗不能加熱。漏斗用后要洗滌干凈。長時間不用的分液漏斗要把旋塞處擦拭干凈，塞芯與塞槽之間放一紙條，并用一橡筋套住活塞，以防磨砂處粘連。
分液漏斗振蕩器的清洗維護可以通過混合粉末或清洗劑進行，不同大小的刷子將有助于清洗彎曲的分液漏斗。如果分液漏斗沒有馬上清洗干凈，也可以用肥皂水長期浸泡，使用溫暖的水有助于溶解和除去油脂。肥皂水可以用自來水沖洗，再使用離子水，后用丙酮。酸和氧化劑可以除去分液漏斗內的鹽、金屬和有機試劑，酸應在通風良好的油煙罩內使用，分液漏斗清洗是一個多步驟的過程，Z常見的做法，用有機溶劑沖洗，然后用溫水和肥皂水，還需要用自來水沖洗，去離子水，后用丙酮，放置在一個架子上晾干。
